2025年2月7日，我室“生猪育种与智能养殖”团队的赵云翔教授与中国农业科学院深圳农业基因组研究所刘毓文课题组合作，在基因组育种共性技术领域取得了重要创新性突破。研究成果以论文“DPImpute: A Genotype Imputation Framework for Ultra-low Coverage Whole-genome Sequencing and its Application in Genomic Selection”的形式发表在国际知名期刊《Advanced Science》，中科院大类分区为1区top，最新影响因子为14.3。原文链接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/40013759/。

该研究提出了一个创新的基因型填充计算框架——DPImpute，旨在解决超低覆盖度全基因组测序（ulcWGS）中的基因型填充问题。传统方法在小样本量、低测序深度和有限参考群体条件下存在准确性差的问题，而DPImpute通过采用两步填充策略显著提高了基因型填充的准确性。在实验验证中，DPImpute在参考面板较小（≤100）、测试样本数较少（≤10）以及超低覆盖度测序（≤0.1X）等挑战性条件下，基因型一致性准确度高达94.80%，显著优于现有方法。此外，DPImpute在不同测序深度、测试样本大小、参考群体大小以及跨种群条件下均表现出高准确性和稳定性，展现了其广泛的应用潜力。研究团队开发的用户友好型网络平台（https://agdb.ecenr.com/DPImpute/home）和Docker容器，进一步降低了DPImpute的使用门槛，为科研人员提供了便捷的工具支持。

我室赵云翔教授和中国农业科学院深圳基因组所刘毓文研究员为本研究的共同通讯作者；刘毓文课题组博士生郑伟刚（华中农业大学联合培养博士）和马文龙博士为本文的共同第一作者。中国农业科学院深圳基因组所唐中林研究员和李奎教授提供了样本资源的帮助。研究得到了国家自然科学基金项目、国家重点研究与发展计划项目和“十四五”重点研发项目的支持。

近些年赵云翔教授致力于猪遗传繁育研究、智能化养殖技术和产业化推广，目前承担国家技术攻关和国家重点研发课题各1项，先后参与农业农村部瘦肉型猪育种联合攻关项目和广西创新驱动发展专项资金项目等种业创新项目。曾获国家发明二等奖（第三完成人），广西科技进步奖一等奖(第一完成人)、全国农牧渔业丰收奖(第二完成人)和神农中华农业科技奖等多项奖项;在《Nature Genetics》、《Nucleic Acids Research》和《Theriogenology》等国际知名期刊发表研究论文 40 余篇，获授权发明专利 16 项。